莫明其妙与莫名其妙在现代汉语中基本无区别，二者可通用。以下是具体分析：

词源与结构

- 二者均源自“莫名其妙”，后者为前者的衍生形式，但“莫明其妙”中的“明”字存在争议，部分资料认为其为错别字。

- 词义核心均为“无法说明或理解某事”，无本质差异。

细微差别与用法

- 侧重点：

- 莫名其妙：强调“无法表达或说明”，如“他突然说出的话让我莫名其妙”。

- 莫明其妙：侧重“无人理解”，如“这件事莫明其妙地困扰了所有人”。

- 结构差异：

- 莫名其妙：动宾式（如“令人莫名其妙”）。

- 莫明其妙：主谓式（如“事情莫明其妙”）。

使用建议

- 由于二者意义相近且可通用，日常使用中无需区分。

- 避免使用“莫明其妙”，以防被误认为错别字。

综上，二者可视为同义成语，选择时可根据语境侧重表达“无法说明”或“无人理解”即可。