在合同签名区域内签名并注明“不同意”时，合同是否有效需分情况讨论，主要结论如下：

一、合同未成立的情况

若签名时未在指定签名区域签署，或签名位置不符合合同要求（如个人签名使用小篆），则可能被认定为未达成合意，合同未成立，自然无效。

二、合同可撤销的情况

若签名时明确注明“不同意”，且该行为符合《民法典》关于可撤销合同的规定（如意思表示虚假），则合同属于可撤销合同，而非直接无效。但需注意，法院通常不会仅凭“不同意”认定合同无效，需结合具体情形判断。

三、合同成立但可主张撤销的情况

若签名符合形式要求，但存在以下情形之一，可主张合同无效：

1. 签名时存在欺诈、胁迫等情形；

2. 合同内容违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗；

3. 签名后明确表示反对并符合法定撤销条件。

四、建议

为避免纠纷，签订合同时应：

在指定签名区域签署；

确保签名符合法定形式（如个人正楷签名）；

避免在合同空白处随意签名。